Pizza Margherita jest najbardziej tradycyjną pizzą neapolitańską. Jej historia sięga końca XIX wieku. W 1889 roku w Neapolu wakacje spędzał włoski król Umberto I i jego małżonka Margherita di Savoia, czyli Małgorzata Sabaudzka. Neapol już wtedy słynął z ulicznego jedzenia wypiekanego przez lokalnych pizzaioli. Jeden z nich, Raffaele Esposito, chcąc uczcić królewską parę stworzył trzy różne pizze, którymi poczęstował wybitnych gości. Najbardziej przypadła im do gustu jedna z nich, skomponowana w kolorach włoskiej flagi. Dodatkami były czerwone pomidory, biała mozzarella di bufala i zielona bazylia.

Raffaele Esposito zadedykował pizzę królowej i nazwał ja Pizza Margherita. Ustanowił w ten sposób znany do dziś standard wypieku pizzy Margherity, a Neapol niepodważalnie stał się światową stolicą pizzy.

Na całym świecie prawdziwą, neapolitańską pizzę Margheritę przyrządza się tak samo. Komponują ją pomidory San Marzano, mozzarella di bufala Campana, liście świeżej bazylii i oliwa z oliwek extra virgin. Zamiast mozzarelli di bufala można użyć mozzarelli fior di latte z mleka krowiego. Pizza neapolitańska nie jest wtedy tak mokra, za to mniej aromatyczna i pozbawiona bogactwa smaków. Na wierzch pizzy można dodać startego sera pecorino romano.

Najznakomitszą i najsmaczniejszą wersją pizzy Margherity jest Margherita DOP z dodatkiem mozzarelli di bufala Campana DOP oraz pochodzącymi z regionu Kampanii pomidorami San Marzano DOP. Jest to pizza premium i tylko taką Margharitę znaleźć można zarówno w N’Pizzy jak i w spokrewnionej z nią Restauracji Nolio.